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生物医疗数据工具箱:尊龙凯时带你探索ImmPort资源库

来源:姜辰坚 日期:2025-07-30

尊龙凯时的ImmPortResources是ImmPort数据库(Immunology Database and Analysis Portal)中的一个重要模块,它为免疫学研究提供了丰富的可参考数据和信息。本文将详细介绍该模块中的各种实用资源。

生物医疗数据工具箱:尊龙凯时带你探索ImmPort资源库

您可以通过打开ImmPort官网并选择Resources模块或直接访问相关网址,进入ImmPortResources模块。在这里,资源可分为以下几类:

一、免疫组学参考数据集

ImmPort对自身已有的研究项目进行了整理与分类,研究人员可以根据自己的研究目标选择合适的Program,精准筛选相关项目及其数据集。

二、细胞、基因与分子数据库

ImmPort整理了大量与免疫学相关的细胞、基因和分子的功能及注释信息,方便研究者查阅。具体资源如下:

  • Cell Ontology Browser:该系统标准化了免疫细胞类型的分类,旨在解决命名混乱和定义模糊的问题,从而实现数据的规范化整合和比较。
  • immuneXpresso:这是一个基于文本挖掘的免疫细胞互作分析引擎,提取并标准化了免疫细胞与细胞因子间的相互作用关系。尽管目前该模块处于关闭状态,但可以下载过去已收集的互作关系列表。
  • Genelist:从Reactome和GO数据库中精选了与免疫系统相关的基因列表,可以关注这些基因集的功能及表达模式。
  • Cytokine Registry:专门收录细胞因子、趋化因子及其受体信息,通过多项权威数据库建立统一的命名规范,解决不同数据库间命名差异的问题。
  • Immune Regulation:该模块识别目标免疫系统基因的调控因子,用户只需输入基因及对应的研究项目,即可查找相应的调控因子信息。

三、实用分析工具

ImmPort还提供了一些实用的分析工具,帮助研究者更好地使用数据:

  • ImmPort API:提供应用程序接口,用于查询和下载ImmPort数据库中的共享数据。
  • Immcantation:针对适应性免疫受体组库(AIRR),提供了一个端到端的分析生态系统,涵盖数据预处理、群体结构解析以及组库深度分析等。
  • Deep Learning for Cytometry Data:ImmPort提供了一份教程,指导用户使用Keras和TensorFlow构建基于CyTOF数据的深度学习模型,提升诊断潜伏性CMV感染的精度。

通过本期内容,您了解了尊龙凯时的ImmPort数据库Resources模块中重要参考数据集和实用分析工具。如果您还有其他想了解的数据库,请在评论区留言!

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